Все, победил я сегодня эту проблему. Как и обещал на страницах данного форума. Проблему локализовал форумчанин Дима, так что я только подтвердил правило.
Проблема в непропае шлейфа, который идет от герметичного разъема, подключаемого к проводке ЭБУ. Слил масло, снял поддон, снял фильтр, снял гидроблок, выдернул стопор и снял шлейф. Прозвонил, и выявил плавающий контакт в двух пинах внешнего разъема. Решил сразу делать на совесть, и продублировал каждую дорожку шлейфа проводом в PTFE изоляции. Крышки на разъемы не налезли, да и фиг с ними, они там чисто для мебели стоят. Поставил разъем, и все собрал. Все, теперь коробка работает как надо. Если кому из земляков будет нужно, смогу помочь, наверное.