Для сохранения файлов на системном разделе требуется перемонтировать раздел с правами на запись, TC умеет это делать. При сохранении после редактирования/копировании/или замене файла на системном разделе, выскакивает запрос на перемонтирование раздела, необходимо ответить утвердительно.
(Да, еще, хочу добавить - каталог /proc/.... со всеми там файлами создается заново каждый раз при загрузке андроида из boot.img и kernel.img, так что все, что там измените будет жить только до перезагрузки. Кардинально можно поменять только пересобрав новый образ)