На нашем ГУ если не делать Wipe перед восстановлением, то пользовательские настройки должны остаться на устройстве, тем не менее то, что было поставлено извне, придется все равно переустановить заново из апк файла или маркета.
По своему опыту обладателя смартфона на андроиде, могу сказать, что полное сохранение с последующим восстановлением один в один всего, что стояло на смартфоне, возможно только после получения рута и установки расширенного стороннего рекавери, например у меня на HTC установлен ClockworkMod recovery (CWM) - модифицированный неофициальный recovery. В общем это нам не подходит.