Я в дизелях не силен, но мне кажется, есть повод проверить, не попала ли в систему охлаждения воздушная пробка (если вы говорите, что антифриза было мало, воздух могло насосать постепенно в рубашку охлаждения двигателя или куда-нибудь в радиатор отопителя). Так же водяной насос можно посмотреть, и обязательно термостат, возможно, его начинает закусывать. Причем если подключить диагностический сканер, то он может показать, что термостат в норме. У меня был такой опыт на бензиновых двигателях Nissan. Ну и конечно же нужно проверить все датчики системы охлаждения.