Ничего не будет, отключайте смело. Я на своем сиде езжу только по выходным и то не всегда (есть другая машина) и всегда скидываю минусовую клемму. За 2-3 недели сигналка высасывает АКБ полностью. Да и самому спокойно, мало ли че где коротнет.
Единственное что если у вас установлена автономная сирена от сигнализации, то сначала ключиком ее выключите, а то будет орать.