Использую две SD-флешки Transcend: обычную на 4 GB class 4 и SD-HC class 6 на 8 GB через USB кардтридер Explay. Почему SD? Одна осталась после умершего кпк, вторая куплена к электронной книжке, которая всегда с собой, а отдельной usb-флешки никогда не было. Важный момент для такого варианта - картридер должен отображаться как один логический диск. Всякие варианты с одновременным чтением нескольких карт машиной не воспринимаются (проверено опытным путем - лишний кардтридер подарен тестю

.). О работе: 4 GB SD - работает без каких-либо проблем; 8 GB SD-HC - работает нормально, но есть один нюанс: втыкать картридер с флешкой в разъем нужно до того, как заведешь машину, иначе - вечный READING... - лечится выключением зажигания.
Все аудио, разложенное по папкам (1-2 уровня), помещено в портфель (чтобы потихоньку собирать подборки для авто на компе и автоматически синхронизировать с флешками); откуда отлично читается магнитолой.
Да, кстати, большой плюс решения картридер + SD - не вынимая картридера из гнезда можно переставлять флешки, притом машина не замечает "подмены" и как ни в чем не бывало сразу же читает с другой флешки.
Разницы в скорости загрузки магнитолой между 4 и 8 GB не заметил, как и скорости зависимости от степени заполнения. Сейчас все забито под завязку и работает также, как и полупустое.