Подписывать файлы sis, sisx. Если это нужно конечно. В основном, для ломаных программ это необходимо. Для купленных/бесплатных это не нужно.
Подписывать достаточно просто... Выбираешь файл сертификата, sis-файл, жмешь подписать, ну и все. После этого ставишь в тело.