Лучше всего взять большую флэшку, или несколько флэшек, а еще лучше внешний жесткий диск и скинуть всю необходимую информацию на эти носители из папок: Мои Документы (My Documents), Рабочий стол (Desktop), Избранное (Favorites, если обозреватель отличный от IE, то сделать export закладок). Ну и все остальное необходимое, например профиль Skype или QiP, почтовые файлы, игры, ... и т.п.
Затем уже устанавливать Windows с нуля с форматированием диска (необходимо грузиться с установочного диска, т.е. именно в БИОСе выставить загрузку с CD ну или при старте компа вызвать Boot Menu и выбрать CD). Если диск один физически, то лучше разбить его на два раздела. Причём под систему отвести не менее 50 Гб (а для Win 7 лучше все 80 Гб). Потом после установки Windows, необходимого софта и драйверов, все сохраненные папки вернуть на место. Желательно в настройках системы перенести папку Мои Документы на другой раздел. Установить файл подкачки (pagefile.sys) 2048 Mb. Собственно наверное это все мои принципы при переустановке windows. Ну и когда все установил и настроил можно сделать резервную копию СИСТЕМНОГО раздела (диска) при помощи Acronis или Symantec Ghost.