Это довольно сложная проблема. Так, как машина простояла долго, то причин может быть много, в основном связанных с зажиганием. В первую очередь с датчиками распредвала (могут быть сырые контакты), плохой контакт массы от аккумулятора к двигателю, эбу (при отключении аккумулятора возврат к заводским настройкам) наличием конденсата в баке, свечами, качеством топлива и т.д.
P.S. Поездите немного, если неисправностей нет, все должно прийти в норму.