Так и должно быть.
Когда машина стоит на месте, при включении кондиционера, включается вентилятор кондиционера, который охлаждает радиатор кондиционера, чтобы в салон шел прохладный воздух.
Именно вентилятора небольшая вибрация.
А когда машина движется, то радиатор обдувается воздухом и вентилятор перестает работать, соответственно, исчезает вибрация.