53. Взамен утраченных или непригодных для пользования регистрационных документов, паспортов транспортных средств на зарегистрированные в Госавтоинспекции транспортные средства и иных выдаваемых регистрационными подразделениями документов выдаются дубликаты этих документов с отметкой "ДУБЛИКАТ".
В графе "Особые отметки" дубликатов паспортов транспортных средств делается запись о сериях, номерах, датах выдачи оригиналов паспортов и их дубликатов (если они выдавались) с указанием выдавших их организаций-изготовителей, или регистрационных подразделений, или таможенных органов Российской Федерации, которая заверяется подписью должностного лица и печатью регистрационного подразделения.
118. В поле реквизита "Особые отметки" указываются данные о паспорте транспортного средства (при отсутствии отдельного поля реквизита), изменении модели, модификации транспортного средства, разрешении установки знака "ИНВАЛИД", введенные запреты и ограничения, а также иные сведения в порядке, предусмотренном Правилами и другими нормативными правовыми актами МВД России.
Конкретно про второй VIN, я не нашел... Но раз он есть в паспорте, есть и в карточке учета, пусть исправляют...