У меня тоже айфон и айпад зарегестрированны на один ID, программы можно как на 2 устройства поставить так и на одно, если автоматом ( бывает так ) поставилось на 2 устройство и оно допустим не нужно на айпаде просто удалите его с него и если потом захотите поставить зайдете в покупки в апсторе и установите программу и если будете подкл к тунцу, то просто в программах на тунце снимите галочки на против ненужных программ
При одном айди синхронизируются на обоих устройствах заметки, фотки, контакты